农村社会保障制度在推广实施过程中存在的问题是多方面的。概括起来，主要有：
1.资金来源不尽合理，未体现全社会责任
资金是推进农村社会保障体系建设的核心问题。民政部1992年印发的《县级农村社会养老保险基本方案》明文规定，在保险基金的筹集上，“坚持以个人缴纳为主，集体补助为辅，国家给予政策扶持的原则”，这样的规定使国家和集体所体现的社会责任过小。我国政府用于社会保障的比例是世界最低的。中央财政用于社会保障的支出占中央财政总支出的比例，加拿大为39%，日本为37%，澳大利亚为35%，我国只有10%左右，而这10%的投入绝大部分给了城镇职工。由于长期以来国家对农村投入过低，农村社会保障资金的重要来源实际是依靠传统农村的集体补助和投入。但改革开放以来实施的土地家庭承包经营制使集体经济力量受到严重削弱，特别是贫困地区的财政能力和集体经济实力有限，已无力承担当地农民的社会保障资金。在这种情况下，原来由集体经济负担的农村军烈属优待、“五保户”供养变为农民直接负担，而国家干部、城市居民、工人不负担，这样一来既不利于增加统筹金额，也不利于标准统一。此外，农民个人的养老和医疗保险基金，集体补助也微乎其微，几乎完全由个人缴费。这样的社会保障不仅失去了它本来的意义，而且也影响了农民参加养老、医疗等保障项目的积极性，加大了农村社会保障工作的难度。
2.保障覆盖面窄
目前，我国农村社会保障体系很不健全，保障形式主要是农村社会救济、社会优抚、农村“五保”和少数地方推广的农村社会养老保险及合作医疗保险，保障的对象基本上是“困难的人”、“光荣的人”和“富裕的人”，农村大多数人还无法享受社会保障。更为严重的是，农村民政对象应保未保的现象普遍存在。此外，在农村剩余劳动力转移的过程中，一部分农民处于社会保障的“真空地带”。改革开放以来，农村大量的剩余劳动力纷纷涌向城市， 对城市的经济建设做出了突出贡献。但他们却被排斥在城市的社会保障体系之外，可以说，他们没有任何保障可言。他们干的是最险、最苦、最累的活，而人身权利、经济权利、甚至生命都得不到保障。游离于城镇社会保障体系之外的农民工，成了城市中最脆弱的群体，这与他们为城市所做出的贡献极不相称。农民工的这种艰难处境彰显了社会公平机制的扭曲，亟需为其建立基本的社会保障制度。
3.管理不够科学与规范
从管理体制来看，我国农村社会保障管理呈现出政出多门、各自为政的局面，城乡分割、条块分割、多头管理，条块之间既无统一的管理机构，也无统一的管理办法。管理体制的不顺，造成现有的农村社会保障项目虽然不多，但具体制定政策、掌握政策和执行政策的机构却不少。从表面上看，农村社会保障工作有多个部门负责，似乎易形成合力并共同解决问题，但实际上，由于这些部门所处地位和利益关系不同，看问题的角度不同，工作中经常发生摩擦和矛盾。有的项目谁都争着管，从中受益；有的项目又谁都不愿意管，相互扯皮。此外，农村社会保障管理水平的低下，还集中体现在保险基金的管理上。按照国际上通行的做法，社会保障基金的征缴、管理和使用三权分立、互相制衡，以保证基金的安全性、流动性与收益性。但是，我国农村社会保障基金在大多数地方是征缴、管理与使用三权集于一身，缺乏有效的监控监督，致使基金的使用及保值增值等面临诸多风险。有的将社会保障基金借给企业周转使用，有的用来搞投资、炒股票，更有甚者利用职权贪污农民缴来的“养命钱”，从而造成基金大量流失，严重影响基金的正常运转，并在农民心中造成极坏的影响。因此，对农村社会保障进行科学规范的管理、监督，已成为当前一项刻不容缓的工作。
4.缺乏法制保障
社会保障制度需要有力的
